1. Programa de Assessoria – tem como objetivo oferecer assessoramento às instituições: eclesiais, governamentais, educacionais, entre outras. E tem como projetos:

1.1 Intercâmbio Missão Aprender – realiza, através das trocas de experiências entre grupos e turismo solidário/comunitário, a capacitação de animadores/as, em especial destinada à juventude; em ambientes eclesial e de base comunitária; preparando lideranças para coordenar e acompanhar projetos comunitários;
1.2 Redes em Favor da Vida – articula e mobiliza a sociedade em favor da vida da juventude, tendo como instrumento as Campanhas Juventude Quer Viver e Contra as Violências e Extermínio de Jovens;

2. Programa de Formação Integral para Protagonismo Juvenil – tem como objetivo fomentar e desenvolver formação integral, garantindo aos adolescentes e jovens seu protagonismo. Possui 7 projetos:

2.1 Protagonismo Juvenil e o Desenvolvimento Sócio Econômico Sustentável: promove o protagonismo juvenil no desenvolvimento territorial sustentável, com ações transformadoras no campo da economia solidária, garantindo geração de trabalho e renda na construção do Bem Viver.
2.2 Políticas Públicas – Controle Social: capacita lideranças juvenis para atuarem em espaços de incidência política como conselhos, fóruns e movimentos sociais.
2.3 Mística do Bem Viver – reflete sobre as causas que nos movem na direção de um mundo de justiça e solidariedade. Realiza Seminários do Bem Viver com temas da atualidade que desafiam as práticas de libertação e o Ofício Divino nas Casas.
2.4 Na Trilha da Comunicação – Jovem Comunica: reflete, comunica e constrói estratégias de comunicação da Instituição com os jovens, em uma dinâmica de provocar novo olhar sobre as juventudes.
2.5 Educação Popular: oferece formação integral e sistematiza experiências e metodologias com princípios da educação popular para lideranças conscientes e comprometidas/os com o Bem Viver.
2.6 Rede Caminho de Esperança – Cursos Virtuais: Capacita animadores/as e lideranças de processos destinados à juventude, em ambiente comunitário/eclesial, para coordenar e acompanhar grupos juvenis. Está dividido em:
 – Na Trilha do Grupo de Jovens ;
 – Na Trilha da Civilização do Amor

2.7    Na Trilha da Universidade: garante formação integral a juventude empobrecida para facilitar o acesso a universidade, concursos públicos e mercado de trabalho.

3. Programa de Pesquisa, Estudo e Sistematização – tem como objetivo pesquisar, estudar, aprofundar e sistematizar as realidades juvenis. Possui 4 projetos:

3.1 Condição Juvenil: pesquisa, estuda e sistematiza as realidades juvenis e  seu contexto para maior aproximação e diálogo com estes sujeitos em vista da construção de políticas públicas e de conhecer melhor esta realidade.
3.2 Grupos de Estudos: aprofunda os temas que se relacionam com a atuação no campo da juventude: educação popular, formação integral, políticas públicas, economia  solidária, comunicação, entre outros.
3.3 Observatório Juventudes na Contemporaneidade: aprofunda, analisa, pesquisa e estuda as realidades enfrentadas no cotidiano juvenil;
3.4 Publicações: – sistematiza as pesquisas sobre o cotidiano juvenil;

4. Programa de Sustentabilidade – tem como objetivo captar recursos e  garantir a gestão dos recursos humanos e comunicação. Divide-se em:

4.1 Gestão Administrativa e Financeira: estabelece processos de transparências das ações do CAJUEIRO;
4.2 Gestão de Pessoas: contribui na formação de pessoas para se tornarem atores e atrizes de novas formas de gestão, com princípios da cooperação e solidariedade;
4.3 Comunicação: reflete, comunica e constrói estratégias de comunicação da Instituição (interna e externa) envolvendo as juventudes em uma dinâmica de provocar novo olhar sobre vida juvenil e seu papel no mundo.